1. 工作頻率：40KHz等離子清洗機的工作頻率為40千赫（40,000赫茲），而13.56MHz等離子清洗機的工作頻率為13.56兆赫（13,560,000赫茲）。工作頻率不同會導致設備清洗效果和適用范圍上的差異。

2. 清洗效果：40KHz的低頻等離子清洗對于大多數材料都可以達到較好的清洗效果，但對于一些微米或亞微米級別的顆粒或污染物去除效果可能不佳。而13.56MHz高頻等離子清洗則在去除顆粒尺寸較小的污染物方面具有更高的功效，能夠提供更優越的清洗效果。

3. 清洗速度：13.56MHz等離子清洗速度相對更快，因為具有更高的頻率，能更快地傳遞能量，從而更有效地去除表面污垢。

4. 適用范圍：40KHz等離子清洗適用于大部分材料的表面清洗及去除較大顆粒尺寸的污染物，如塑料、金屬、玻璃等材料。13.56MHz等離子清洗則更適用于對微米級污染物及顆粒清洗要求較高的應用，如微電子、半導體、光學等行業。

5. 成本：由于13.56MHz等離子清洗技術較復雜，設備制造成本相對較高，價格可能會比40KHz的設備更貴。但根據不同的實際應用需求，適用領域和性能要求可能需要使用較高成本的清洗設備。

綜上所述，40KHz和13.56MHz等離子清洗機主要區別在工作頻率、清洗效果、清洗速度、適用范圍及成本等方面，用戶應根據自身的需求和應用領域選擇合適的設備。