雙層全自動殺菌鍋的殺菌工作步驟共有9步，分別為下鍋注水、下鍋升溫、下鍋保溫、熱水回收、冷卻注水、冷卻循環、冷卻排水、鍋內排氣、工作結束。以下做仔細說明。
熱水罐工作步驟：
1.熱水罐上水：手動打開“上水閥”，在操作面板的“手動畫面”上點擊“給水泵”及“上鍋排氣閥”，目視上鍋玻璃液位計，當達到合適水位時，關閉各閥門。
2.熱水罐升溫：按動“上鍋運行”按鈕鍵，系統自動控制上罐水溫及壓力，當上罐的水溫達到“參數設定”的數值后，系統自行停止及報警。
殺菌釜工作步驟：
1.下鍋注水：產品裝入下鍋內，鍋門鎖緊并提示報警后，按“殺菌鍵”（綠色）按鈕，系統自行檢測上熱水罐的壓力是否達到上罐的設定壓力，若未達到開啟“上罐補氣閥”，升至上罐設定壓力關閉，開啟“熱水回收閥”及“循環出水閥”，將上罐的熱水壓進下鍋內，當上罐的水位達到低水位或下鍋的水位達到高液位時，此步結束轉下一工作步。
2.下鍋升溫：聯通閥、循環進水閥、循環出水閥、管道離心循環泵、蒸汽閥開啟，鍋內壓力自動保持設定壓力，當達到設定的殺菌溫度后，進入保溫步（殺菌步）。
3.循環保溫；達到設定殺菌溫度后，開始殺菌倒計時，期間溫度、壓力自控，當達到設定的時間后，進行熱水回收步。
4.熱水回收步：聯通閥、熱水回收閥、循環出水閥、循環泵開啟，鍋內壓力自動控制，當下鍋水位達到低水位或上罐達到高水位時，此步結束轉下一工作步。
5.冷卻注水：冷卻給水泵、聯通閥、給水旁路閥首先開啟，當鍋內溫度降至設定的給水主閥開啟溫度時，給水主閥打開，注水速度加快，期間壓力自控，當水位達到下鍋的高水位時，此步結束轉下一工作步。
6.循環冷卻：管道離心循環泵運轉，循環出水閥循環進水閥開啟，期間壓力自控，系統自行開始冷卻時間倒計時，當達到設定的冷卻時間后，此步結束轉下一工作步。（若在操作面板的“系統畫面”中設定工作在冷卻過程中上罐自動加熱后，若上罐溫度低于設定的溫度，上罐自動加熱升溫）
7.鍋內排水：排水閥、循環泵打開，將已冷卻的循環水用泵排出，直至達到設定的低水位。排水步停止，進入排氣步。
8.排氣：排氣閥打開排出鍋內余氣，直至鍋內壓力為零。
9.工作結束：系統復位，并發出聲光報警，提示操作人員產品殺菌結束。