2004/2005年度2004年國家建立化肥商業淡儲制度。2004/2005年度化肥淡儲總量為800萬噸，分兩次招標，第一次605萬噸，第二次195萬噸。對尿素比例未做規定，只說以尿素、磷銨等高濃度肥為主。

2005/2006年度國家淡儲總量仍為800萬噸。各省也陸續實施省級化肥儲備制度，儲備規模超過300萬噸。要求中標企業尿素淡儲量占總儲量的70%以上。

2006/2007年度2006年10月份，國家發改委和財政部組織的2006/2007年度化肥淡儲工作正式啟動。淡儲總量仍為800萬噸，淡儲期限從2006年10月到2007年3月。淡儲仍以尿素為主，占70%以上，個別地區承儲企業可以根據當地用肥需求，并在報淡儲委托單位備案批準后，適當調低尿素所占比例，但不得低于淡儲化肥總量的50%。

2007/2008年度2007/2008年度初次招標時，化肥淡儲總規模仍保持800萬噸，淡儲期限半年，總計27個淡儲區域。要求中標企業尿素淡儲量占比60%以上。2008年1月，國家對2007/2008年度化肥淡季商業儲備新增200萬噸，這次新增的量在化肥品種上有所要求，要求磷酸二銨、磷復肥等品種應占一半以上。

2008/2009年度第一次淡儲招標規模為1100萬噸，比上年度增加了300萬噸。其中，1000萬噸淡儲指標將優先給予近兩年淡儲工作搞得較好的40余家化肥流通與生產企業，另100萬噸將通過企業申請、專家評審的招標方式確定承儲企業。后來又增加磷肥專項淡儲100萬噸，總額達到1200萬噸，磷肥專項招標另行進行。在2009年1月份時，增加400萬噸達到1600萬噸。要求尿素占比50%以上。

2009/2010年度共有70多家企業參與化肥商業淡儲，加上磷肥專項淡儲100萬噸，本年度淡儲總量為1600萬噸，與上年持平。另有幾家企業參與了鉀肥淡儲。要求尿素占比50%以上。

2010/2011年度化肥淡儲總量1600萬噸，除70萬噸磷肥專項單獨招標外，其余的1530萬噸淡儲量，共有72家企業中標。其中，生產企業32家，生產企業和流通企業聯合中標12家。本次淡儲補貼時間增加1個月，延長至7個月，中央財政增加補貼金1.5億元。要求尿素占比40%以上。

2011/2012年度化肥淡儲量仍維持1600萬噸，其中505萬噸需重新進行招標，其余自然延期。化肥淡儲補貼時間恢復至6個月。鼓勵流通企業和生產企業組成聯合體共同承擔淡儲任務。9月21日，國家發改委發布《2011/2012年化肥淡儲資格招標有關問題解釋》，這是首次對化肥淡儲招標問題進行專門解釋。要求尿素占比40%以上。

2012/2013年度化肥淡儲量仍維持1600萬噸。2012年9月26日，國家發展改革委經貿司、財政部經建司在京與國家淡儲化肥承儲企業簽署了2012/2013年度化肥淡季商業儲備協議。流通企業占41.5%，生產企業占14.6%，生產企業與流通企業的聯合體占43.9%。要求尿素占比40%以上。

2013/2014年度國家發展改革委經貿司、財政部經建司于9月6日啟動2013/2014年度化肥淡季商業儲備企業資格招標工作。本次公開招標數量為1295萬噸，分別為2013/2014年度1225萬噸化肥淡季商業儲備和2014年度70萬噸磷肥專項儲備。淡儲總量增至1800萬噸，創歷史新高。要求尿素占比70%以上，個別區域可稍低，但不低于50%。