高效毛細管電泳色譜儀有機基質整體毛細管柱是采用柱內直接鍵合的方法在毛細管中進行原位自由基聚合反應，形成連續床固定相，不用柱塞，簡化了柱制備過程。通過改變單體可引入多種官能團，有更好的多孔性和滲透性，對流動相阻力小，溶質在固定相和流動相之間快速分配，有利于實現高速分離。

有機基質整體毛細管柱有以聚丙烯酰胺、聚甲基丙烯酸酯和聚苯乙烯為基質的整體柱。典型的聚合液以含一個乙烯基的化合物為單體，以含兩個乙烯基的化合物為交聯劑，以含離子基團的化合物為產生電滲流的單體，為了形成多孔結構往往添加致孔劑。有機基質整體毛細管柱種類比較單一，機械強度較差，容易發生收縮和溶漲現象，使柱性能發生變化，影響柱壽命。

一、聚丙烯酰胺基質整體毛細管柱制備：

以聚丙烯酰胺為基質的整體柱從1995年首次出現以來得到了廣泛應用。最初的整體柱一般以丙烯酰胺為單體，以亞甲基二丙烯酰胺為交聯劑，以含離子基團的化合物為產生電滲流的單體，所得到的整體柱是親水性較強的柱床。為了獲得疏水性較強的柱床，可添加疏水性較強的單體，如十四烯、十六烯和十八烯等，利用反相機制進行分離。

二、聚甲基丙烯酸酯基質整體毛細管柱制備：

以聚甲基丙烯酸酯為基質的整體柱是硬質柱床，柱制備比較簡單，毛細管壁可不經過預處理將聚合物混合液引入到柱中后，經水熱處理可得到柱體與管壁結合很好的整體柱。

以2－（三甲基磺酸甲酯銨）乙基甲基丙烯酸酯（MEAMS）為單體，以乙二醇二甲基丙烯酸酯（EDMA）為交聯劑，以正丙醇和1，4－丁二醇的混合液為致孔劑，可得到具有反相和離子交換混合模式的整體柱。MEAMS中的銨基既作為產生反向電滲流的基團，又作為強離子交換固定相。該整體柱對中性化合物表現出反相色譜機制，對帶電荷的物質既有反相作用機制，又有離子交換作用機制。使用該整體柱分離堿性化合物時，還消除了一般電泳和電色譜中由于堿性化合物吸附所造成的峰拖尾現象。

三、聚苯乙烯基質整體毛細管柱制備：

以聚苯乙烯為基質的整體柱是硬質整體柱。目前單體種類比較少，一般是苯乙烯－二乙烯苯共聚物。