1.濾材的選用 　　
　　首先按照所要過濾的流體化學名稱，依化學配合禁忌找出可用的材質，再針對其操作溫度，操作壓力，酸堿值，操作條件(如，是否須要耐受蒸汽，熱水或化學品殺菌等)，逐一評估，并剔除不適用之濾材。
　　用途也是一個重要的考慮因素，比方藥品、食品或化妝品用之濾材必須是FDA準許的材質；超純水則須挑選純凈、不含有釋出物會影響比阻抗的濾材；過濾氣體則須挑選疏水性材質以及是否需要"衛生級過濾"設計等。
　　2.過濾精密度 　　
　　這是一個最令人困擾的問題。比方，要除去肉眼可見的顆粒，要選用25微米的濾材；要除去液體中云狀物，要選用1或5微米的濾材；要濾除最小的細菌則需0.2微米的濾材。
問題在于有兩種過濾精度單位： 絕對精度／公稱精度
　　絕對精度是指能100%濾除所標示精度之顆粒。對任何一種過濾器而言，這幾乎是一個不可能達到，而且不實際的標準，因為100%是一個無窮大的值。市面上通稱的絕對過濾器如膜濾等，嚴格地說，只能稱"趨近于絕對"的過濾器,而其它則皆屬于公稱精度，公稱精度，這才是主要的困擾所在:"公稱精度并沒有一個業者共同認定并遵行的標準"。也就是說甲公司可以把公稱精度訂在85-95%，而乙公司卻寧可訂在50-70%。換句話說，甲公司的25微米過濾精度可能等于乙公司的5微米，或者更細。對此問題，有經驗的專業過濾器供應商會有助于過濾精度之選擇，而根本解決之道是"試用"。
　　3. 依照過濾溫度時的粘度
　　專業過濾設備供應商可以計算出需要多大的過濾器，裝多少支濾芯，每支濾芯承擔多大的流速以及預測其初期壓降若干。若能提供流體中雜質含量，甚至可以預估其過濾壽命。
　　4. 過濾系統之設計
　　這個標題牽涉范圍較廣，比方應該選用哪一種壓力來源，需要多大的壓力才能將濾芯壽命完全運用，是否需要裝兩套過濾器并聯，以適合連續性操作之系統，對粒徑分布寬廣的場合應如何搭配粗濾與精濾，系統中是否須要裝逆止閥或其他裝置等等。這些都需要使用單位與過濾器供應商密切配合，共同找出最恰當的設計。