《關于印發<技術合同認定登記管理辦法>的通知》（國科發政字[2000]063號） 第十七條明確規定：“財政、稅務等機關在審核享受有關優惠政策的申請時，認為技術合同登記機構的認定有誤的，可以要求原技術合同登記機構重新認定。財政、稅務等機關對重新認定的技術合同仍認為認定有誤的，可以按國家有關規定對當事人享受相關優惠政策的申請不予審批。”
　　雖然該涉稅事項在2004年由審批改為備案，但各地稅務機關絲毫沒有放松監管力度。
　　如山東省地方稅務局在魯地稅函[2004]152號文中強調：“加強對技術轉讓、技術開發營業稅減免稅的日常管理和監督檢查。主管稅務機關應對納稅人的申報表及相關資料實行備查制，并按規定認真進行審查，對發現問題的，要及時將相關情況傳遞給管理和檢查部門，實施稅收檢查。稽查部門要對享受技術開發、技術轉讓營業稅減免的納稅人進行重點檢查，對不符合減免稅條件的單位和個人要取消稅收優惠政策，同時追繳其所減免的稅款，并按照征管法的有關規定進行處罰。”也就是說，企業按目前稅法規定進行免稅備案后，并非就可以高枕無憂了，稅務機關對省級科技部門出具的證明還有否決權，對企業營業稅免稅情況還有稽查權。對不符合條件的要取消稅收優惠政策，同時追繳其所減免的稅款，并按照稅收征管法的有關規定進行處罰。