作為一種通過發揮市場機制作用有效控制環境污染的新型環境經濟政策，排污權交易制度是我國進行環境政策創新的必然選擇，也是建設生態文明、實現經濟社會可持續發展的有效路徑。因此，探索完善我國排污權交易制度的路徑，切實解決排污權交易存在的突出問題，在全面深化改革的今天具有重要意義。
　　
　　市場行為推動環保治理
　　
　　排污權是指排污單位經核定、允許的排放污染物種類和數量。排污權交易是指在污染物排放總量控制前提下，利用市場機制，建立合法的污染物排放機制，并允許該權利像商品一樣被買入賣出，通過買和賣，轉變環境資源無償使用的觀點，樹立環境資源的價值觀念。
　　
　　當前，推動污染減排主要依靠行政手段，社會減排成本較高，減排成果難以持續鞏固。同時，企業每年只需繳納并不高的排污費就可排污，導致出現眾多污染大戶污染成本低，環保投入不足等現象。
　　
　　而排污權交易制度旨在使企業為自身利益調動治污的積極性，治污從政府的強制行為變為企業自覺的市場行為。環保部環境規劃院副院長王金南說，對一些特定的行業企業而言，獲取排污權是其進行生產和經營活動的前提，甚至可以理解為生產要素的投入。一旦排污權核定并有償取得，排污單位就會十分珍惜這種環境資源，在市場的驅動下實現環境容量資源的最優配置。
　　
　　環保部總量司副司長黃小贈表示，排污權有償使用，涉及兩類企業。一是現有排污單位，意見明確，由各地根據當地環境質量改善要求，以及企業承受能力等，逐步實行有償取得，而不是一刀切，這給予了各地一定的靈活性，便于更好地推進試點工作。
　　
　　二是對新改擴建項目，排污權原則上都要以有償方式取得，這體現了更嚴格的管理要求，有利于促進新建項目珍惜環境資源，采取先進工藝技術和污染防治措施，減少污染物排放。
　　
　　短期看，一些靠賺取環境成本生存的企業可能會面臨經營的窘境；但從長遠看，企業會因為經營壓力而主動節能減排，進而減輕社會節能壓力。
　　
　　以浙江征收標準為例，對全國電力行業每噸二氧化硫、氮氧化物年征收有償使用費1000元，30萬千瓦以上機組每度電增加成本2厘錢，占發電成本的0.6%。若將成本通過價格疏導到消費市場，將助推CPI（居民消費價格指數）提高0.02個百分點。對造紙行業每噸化學需氧量、氨氮年征收有償使用費4000元，征收的排污權有償使用費占行業總產值0.15%，助推CPI提高0.002個百分點。
　　
　　排污權交易存在的突出問題
　　
　　缺乏技術支撐。環境容量的科學測定是排污權交易的前提，但由于缺乏大量的跟蹤監測數據、長期的積累以及先進的環境檢測手段與經驗，我國目前尚難以準確掌握污染物的轉移規律。準確完整的排污信息是核算、監管企業排污許可的重要依據，安裝在線自動監測網（CEMS系統）是保證排污交易中計量準確性的重要手段，但該檢測手段最近幾年僅在個別省市普及，大多數地區仍采用定期檢測排污口污染物濃度的方法統計排污信息，這導致了較長時間段內連續統一的排污監測數據的缺乏，使得企業真實的排污量難以準確核算，影響了排污權交易的開展。
　　
　　制度建設不完善。專門立法的缺失是排污權交易制度面臨的首要瓶頸。現有排污權交易方面的規范都是地方性法規，立法層級較低，且缺乏可操作性。總量控制目標與實際環境容量存在矛盾，當經濟增長與環境保護之間的矛盾突出時，排污總量的確定往往會成為排污權交易的難點。節能減排目標的設置存在問題。有的企業在實現了減排目標之后，已經沒有足夠余量進行排污權交易；有的行業卻幾乎所有的企業都有剩余指標，導致市場需求缺乏，同樣無法進行交易。環境區域與行政轄區存在矛盾。現有排污指標是按照行政區劃分配的，地方政府出于發展本地經濟的考慮，不愿意向非本地單位出售排污權指標，但大氣、水體污染治理等都離不開跨區域的環境合作，這導致排污權交易不順暢。
　　
　　交易市場不活躍。行政干預阻礙了市場定價機制的建立。目前我國開展的排污權交易大多是在政府牽頭搭線的基礎上完成的，或者以政府拍賣排污指標的方式進行，真正的二級交易市場并不成熟，這種行政介入方式在一定程度上阻礙了市場定價機制的建立。排污權交易不規范。目前我國缺乏一套健全統一的排污權交易制度，尤其是在初始指標分配、排污權定價、交易監管等方面存在諸多問題。此外，由于目前排污權交易信息搜集成本和監管費用過高、交易時間過長，從而降低了交易效率，導致政府雖大力推進而市場交易量少。